Medresenin kimin tarafından yapıldığı tam olarak bilinmemektedir.
* Bazı kaynaklara göre Selçuklu Sultanlarından Sultan Secer”in annesi tarafından inşa edildiği,
* Bazı kaynaklarda da Ertuğrul Gazi ”torunlarından Zeynep Hatun tarafından, yine bazı kaynaklara göre Artuklulardan Necmettin Alpi”nin kızı Zübeyde Hatun tarafından, inşa edildiği varsayılmaktadır.
* Hatuniye medresesi tamamen Selçuklu mimari tarzındadır.
* Medresenin ayakta kalan mevcut duvarı üzerinde mükemmel taş işlemeciliği ve hat sanatına rastlanılmaktadır.
* Mihrap nişinin üst kısmı zengin bir şekilde bezenmiştir. Mihrap nişinin hemen üstünde, çiçekli bir zemin üzerine yazılmış ayetler bulunmaktadır.
* Zamanla büyük bölümü harap olan medresenin restorasyon çalışmaları 1993 yılında başlamış ve aynı yıl tamamlanmıştır.
* Mülkiyeti Vakıflar Bölge Müdürlüğü’ne ait olan Hatuniye Medresesi, 21.08.01/03 envanter numarası ile ”Türkiye Kültür Mirasları” listesinde kayıtlı bulunmaktadır .