Meryem Ana Kilisesi, Zülküf Dağı’nın zirvesinde Dicle’ye bakan büyük kayanın üzerinde yer almaktadır. Zülküf Peygamber’in Makamı gibi Ergani’nin sembollerindendir.
Zamanında Ergani’de bulunan büyük manastırın bir parçası olduğu ve rivayetlere göre 360 odasının olduğu söylenmektedir. 1960’lı yıllarda Ermenilerin baharın başlangıcında şenlikler düzenledikleri ve bölgenin kutsal yeri olduğu için Meryem Ana Kilisesi’ne gidip gece kilisede kaldıkları ve ibadet ettikleri rivayet olunur.
Tarihi ve mimari açıdan büyük önem taşıyan kilise, bir manastır şeklinde tasarlanmıştır. Kilisenin haricinde yatakhane, su deposu, fırın, yemekhane ve ahırlar bulunmaktadır. Kilise harap olmuştur fakat duvarları hala sağlam durmaktadır.