Ulu Cami’nin güneybatısında yer alan medrese, 1198 yılında Artuklulardan Kutbuddin Muzaffer II. Sökmen zamanında inşa edilmiştir. Sincariye Medresesi olarak bilinen yapı 1934 yılında Diyarbakır Arkeoloji Müzesi olarak kullanılmıştır.
Yapının malzemesi tamamen siyah bazalt ve beyaz kalker taşıdır. Medrese iki eyvanlı ve tek katlı olarak inşa edilmiştir. Avluyu saran kemerler ayaklarla taşınmaktadır. Medresede en belirgin yer ana eyvandır. Avlunun etrafını odalar sarmaktadır.
Yapı gerek mimari organları gerekse dekorları bakımından görülmeye değer bir yapıdır. Yapının dört cephesindeki kemerlerin üstü ayetlerden oluşan kitabelerle süslüdür.